Prezbiterium - replika watykańskiej kaplicy Jana Pawła II
Prezbiterium świątyni jest repliką w skali 1:1 prywatnej kaplicy papieża Jana Pawła II w Watykanie z autentycznym obrazem Matki Bożej Częstochowskiej z kaplicy. Kaplica w tej formie powstała za papieża Pawła VI.
Obraz ten w 2004 r. papież, po uprzednim podpisaniu "Jan Paweł II" na aureoli Chrystusa, ofiarował ks. Mirosławowi Drozdkowi SAC, kustoszowi sanktuarium Matki Bożej Fatimskiej w Zakopanem. W 2007 r. przekazuje go zaprzyjaźnionemu o. Tadeuszowi Rydzykowi, przy okazji wyrażając nadzieję, że dyrektor Radia Maryja wybuduje w Toruniu kaplicę wzorowaną na papieskiej w Watykanie. Ostatecznie po ustaleniach z biskupem toruńskim, Andrzejem Suskim zdecydowano o budowie kościoła.
Obraz ten w 2004 r. papież, po uprzednim podpisaniu "Jan Paweł II" na aureoli Chrystusa, ofiarował ks. Mirosławowi Drozdkowi SAC, kustoszowi sanktuarium Matki Bożej Fatimskiej w Zakopanem. W 2007 r. przekazuje go zaprzyjaźnionemu o. Tadeuszowi Rydzykowi, przy okazji wyrażając nadzieję, że dyrektor Radia Maryja wybuduje w Toruniu kaplicę wzorowaną na papieskiej w Watykanie. Ostatecznie po ustaleniach z biskupem toruńskim, Andrzejem Suskim zdecydowano o budowie kościoła.
Jest też tu figura Jana Pawła II modlącego się na klęczniku. Ojciec Święty jest lekko uśmiechnięty, brewiarz ma otwarty na stronie z Uroczystości Matki Bożej Królowej Polski i pokazuje na obraz Matki Bożej, przed którym się modlił przez cały swój pontyfikat.
W prezbiterium umieszczono relikwie św. Jana Pawła II (krew). To dar dla sanktuarium od kardynała Stanisława Dziwisza. Wierni mogą ucałować relikwię.
O. Tadeusz Rydzyk przechowuje też inne przedmioty będące dawniej w użytkowaniu przez Jana Pawła II: obrazy, ornat, drewnianą figurę świętego Michała Archanioła, filiżankę, chustę do oczyszczania kielicha z ostatniej mszy świętej, którą koncelebrował i chusteczkę, której używał w ostatnich dniach.
