Prezbiterium sklepione jest żebrowo w typie gwiaździstym; jest jednym  z najwcześniejszych tego typu rozwiązań w Europie środkowej. Wygląda jak "baldachim" wsparty na cienkich służkach umieszczonych w narożnikach. Zworniki sklepienne w przęśle środkowym (4) przedstawiają Baranka Apokaliptycznego i symbole czterech Ewangelistów. Razem ze zwornikiem przęsła zachodniego (z ornamentem z liści dębu) reprezentują bardzo wysoką klasę artystyczną, pochodzą z ok. 1330 r. Na sklepieniu prezbiterium znajdują się też wysokiej klasy artystycznej malowidła medalionowe. W przęśle wschodnim na sklepieniu 4 medaliony (9) obrazujące Chrystusa w nimbie krzyżowym (przedstawionego jako Pantokrator z księgą w prawej dłoni), Matkę Bożą, św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelistę. W przęśle zachodnim medaliony z przedstawieniami 4 archaniołów - Strażników Tronu (11). Postaci te to kompozycja Deesis, obrazująca orędownictwo Marii i świętych w chwili Sądu Ostatecznego. Malowane medaliony pochodzą z ok. 1350-1360 r. i również reprezentują wysoki poziom artystyczny. W ich stylistyce widoczna jest bizantyńsko-włoska tradycja malarska, która do Torunia dotarła za pośrednictwem Czech i która odnajduje się również w innych obiektach w Toruniu.

 

Na ścianie wschodniej prezbiterium, po bokach okna witrażowego (3), monumelntalne malowidła patronów kościoła: św. Jana Chrzciciela (5) i św. Jana Ewangelisty (6), pochodzące również z lat po 1330 r. Postaci te to patroni kościoła, ale również "opiekunowie" miasta, którzy sprawują pieczę nad ziemskim Kościołem - parafią staromiejską i oferują swoje wstawiennictwo w czasie Sądu Ostatecznego, który symbolicznie został przedstawiony na sklepieniu prezbiterium w postaci Baranka Apokaliptycznego - płaskorzeźbionego zwornika sklepiennego (4). Postaci świętych Janów stoja na fragmencie murów miejskich, symbolizujących jednocześnie mury Torunia i mury Niebiańskiej Jerozolimy.

Wszystkie te obiekty sztuki tworzą spójną koncepcję teologiczną - obrazują Niebiańską Jerozolimę i Kościół Tryumfujący.

 

Centralnym elementem prezbiterium jest ołtarz główny - średniowieczny tryptyk św. Wolfganga (1) wykonany w 1506 r. w warsztatcie toruńskim. Nad ołtarzem umieszczono gotycki krucyfiks tęczowy (2) sprzed 1325 r. pochodzący oryginalnie z dawnego łuku tęczowego. Tłem dla krycyfiksu jest ostrołukowy otwór okienny (3) z maswerkami i rozetami w górnej części oraz z fragmentami oryginalnych gotyckich witraży z ok. 1330 r. Pozostałe kwatery witrażowe w tym oknie zostały wykonane w latach 50. XX w. na wzór witraży gotyckich (zobacz: Dawne witraże toruńskie).