Franciszkanie toruńscy
Franciszkanie przybyli do Torunia, najprawdopodobniej ze Śląska, sprowadzeni przez Krzyżaków w 1239 roku (Krzyżacy utrzymywali bardzo dobre stosunki z księciem wrocławskim, Henrykiem Brodatym).
Był to pierwszy i najważniejszy klasztor w całym państwie krzyżackim, siedziba kustodii pruskiej.
Inicjatorem sprowadzenia franciszkanów do państwa krzyżackiego mógł być wielki mistrz Herman von Salza. Teren jaki im nadano leżał wtedy poza obszarem miasta Torunia, a dopiero powiększenie tego obszaru po 1251 r. spowodowało, że zespół klasztorno-kościelny franciszkanów (patrz: kościół Mariacki) znalazł się niemal przy Rynku Staromiejskim (o etapach rozwoju powierzchni miasta czytaj tutaj), co w przypadku klasztoru mendykanckiego stało sie nietypowe.
W toruńskim klasztorze na synodzie w 1243 roku ogłoszono bullę papieską o podziale ziem państwa krzyżackiego na diecezje: chełmińską (z Toruniem), pomezańską, warmińską i sambijską.
Franciszkanie toruńscy prowadzili rocznik (Annales Minorum Prussicorum), w którym zapisywali ważniejsze wydarzenia z dziejów miasta i państwa krzyżackiego. Tu działała też bogata biblioteka i szkoła klasztorna.
Ponadto, jako ośrodek kultury i sztuki franciszkanie toruńscy dużą wagę przykładali do oddziaływania na wiernych za pomocą języka plastycznego, co wyraża się m.in. wyjątkowej rangi artystycznej ściennymi malowidłami świętych na południowej ścianie kościoła oraz bogatym w treści słynnym Poliptykiem Toruńskim.
Wśród zakonników toruńskich do historii przeszedł bł. Jan z Łobdowa (Łobdowczyk; zm. 1264 r.), który później przeniósł się do franciszkanów w Chełmnie, a którego relikwie przechowywane są w Katedrze Świętojańskiej w Toruniu, bł. Szymon z Torunia (zm. 1363 r. też w Chełmnie).
Toruńscy franciszkanie cieszyli się dużym autorytetem w całej kustodii pruskiej, a gwardianie wymieniani są w dokumentach przeważnie na czołowych pozycjach, zaraz po kustoszach.
Wraz z napływem do Torunia ruchów reformacji mnisi franciszkańscy rozproszyli się, przeszli na luteranizm i kalwinizm, a kościół i przylegające doń od północy zabudowania klasztorne przejęła w 1559 r. protestancka Rada miejska (w okresie renesansu Toruń był silnym miastem protestanckim).
Po adaptacji w latach 60. XVI w. ulokowano tu gimnazjum miejskie, późniejsze słynne toruńskie Gimnazjum Akademickie. W tym miejscu działało ono do 1724 roku. Wtedy to, na skutek królewskiego wyroku sądowego związanego z zajściami tumultu toruńskiego, zabudowania z kościołem przekazano katolickiemu zakonowi bernardynów. W 1821 roku zakon uległ kasacji, a budynek klasztoru został rozebrany; zachował się jedynie fragment zachodniego skrzydła przylegającego od północy do kościoła.
Po adaptacji w latach 60. XVI w. ulokowano tu gimnazjum miejskie, późniejsze słynne toruńskie Gimnazjum Akademickie. W tym miejscu działało ono do 1724 roku. Wtedy to, na skutek królewskiego wyroku sądowego związanego z zajściami tumultu toruńskiego, zabudowania z kościołem przekazano katolickiemu zakonowi bernardynów. W 1821 roku zakon uległ kasacji, a budynek klasztoru został rozebrany; zachował się jedynie fragment zachodniego skrzydła przylegającego od północy do kościoła.