Upadek państwa krzyżackiego
Dalsze wojny z Polską (1414-1421 i 1431-1435) doprowadziły do zubożenia ludności państwa zakonnego i konfliktu z dynamicznie rozwijającymi się miastami (Toruń, Gdańsk, Elbląg) oraz rycerstwem, mającym mniejsze uprawnienia od szlachty polskiej. Już w 1408 r. na zjeździe w Malborku miasta i rycerstwo pruskie po raz pierwszy wystąpiły ze skargami na nadużycia urzędników zakonnych, dot. spraw handlu i rzemiosła oraz wymiaru sprawiedliwości.
W 1397 roku rycerstwo Ziemi Chełmińskiej założyło Towarzystwo Jaszczurcze, a w 1440 roku przedstawiciele rycerstwa i miast pruskich z Toruniem na czele zawiązali Związek Pruski, których celem była obrona przed krzyżackim bezprawiem. W 1454 roku zdobyciem zamku krzyżackiego w Toruniu rozpoczęło się powstanie zbrojne i członkowie Związku poddali całość ziem pruskich (Prusy Królewskie) królowi polskiemu Kazimierzowi Jagiellończykowi, który wydał akt inkorporacyjny Prus do Polski. Wywołana tymi zdarzeniami wojna trzynastoletnia zakończyła się sukcesem Polski i drugim pokojem toruńskim w 1466 roku. Dążenie Zakonu do obalenia postanowień pokoju stało się przyczyną wybuchu nowej wojny polsko-krzyżackiej w latach 1519-1521, przerwanej rozejmem w Toruniu. Wielki mistrz Albrecht Hohenzollern sekularyzował Zakon i przyjąwszy luteranizm przekształcił go w księstwo świeckie, tzw. Prusy Książęce, z którego w 1525 roku złożył na rynku krakowskim hołd lenny królowi Zygmuntowi Staremu.
Krzyżacy w Inflantach, którzy pod koniec XV wieku uniezależnili się od wielkiego mistrza, w istocie stanowili odrębne państwo zakonne. W sytuacji rozprężenia wewnętrznego i osłabienia zakonu inflanckiego, w 1588 roku nastąpił wybuch wojny inflanckiej. Wobec niepowodzenia obrony mistrz inflancki, Gotard Kettler, przeprowadził w 1561 roku sekularyzację zakonu i poddał go Rzeczpospolitej Obojga Narodów.
Zakon w uszczuplonych rozmiarach, przetrwał w Niemczech. W 1809 roku cesarz Napoleon I rozwiązał zakon, którego schronieniem stał się dwór Habsburgów w Wiedniu. W 1918 roku zatracił rycerski charakter, stał się zakonem duchownym. W Austrii działał do 1938 roku, po jej włączeniu do Rzeszy, nielegalnie. W 1947 roku został zalegalizowany przez rząd austriacki.
Obecnie siedzibą jest Wiedeń, a Zakon działa w Austrii, Włoszech, Niemczech, Belgii, Słowenii i na Morawach. Zajmuje się działalnością duszpasterską, oświatową i charytatywną.
