Klasztor cysterek-benedyktynek przy kościele św. Jakuba
Klasztory w średniowiecznej Europie miały ogromne znaczenie w rozwoju cywilizacji i kultury; tak znaczenie społeczne, jak kulturalne, obok oczywistego znaczenia religijnego.
W Toruniu obok najstarszych krzyżaków, franciszkanów i dominikanów w średniowieczu działał też zakon żeński - cysterki-benedyktynki. Ze względu na zniszczenia, jakim uległa znaczna część klasztornych archiwaliów, zwłaszcza tych średniowiecznych, dziś trudno ustalić czy w średnowiecznym Toruniu istniały dwa żeńskie zgromadzenia zakonne - cysterki i benedyktynki, czy jedno, tzw. cysterki-benedyktynki.
W Toruniu obok najstarszych krzyżaków, franciszkanów i dominikanów w średniowieczu działał też zakon żeński - cysterki-benedyktynki. Ze względu na zniszczenia, jakim uległa znaczna część klasztornych archiwaliów, zwłaszcza tych średniowiecznych, dziś trudno ustalić czy w średnowiecznym Toruniu istniały dwa żeńskie zgromadzenia zakonne - cysterki i benedyktynki, czy jedno, tzw. cysterki-benedyktynki.
W historycznych dokumentach nazwy cysterki i benedyktynki najpewniej stosowane są wymiennie dla tego samego zgromadzenia. Działo się tak dlatego, że oba zgromadzenia miały podobne zwyczaje zakonne oraz, że zgromadzenia pozostające pod opieką biskupów diecezjalnych (chełmińskich), a nie zwierzchnictwa zakonnego, obserwowały regułę benedyktyńską i zwyczaje stanowiące mieszankę tradycji benedyktyńskich i cysterskich. W ten sposób wytworzyła się w Toruniu specyficzna reguła cystersko-benedyktyńska, w której z czasem - w okresie nowożytnym - zaczął przeważać element benedyktyński. Podobna sytuacja miała miejsce najpewniej w Chełmnie.
Wobec niezachowanych dokumentów nie znamy dokładnej daty sprowadzenia cysterek-benedyktynek do Torunia, choć najpewniej nastąpiło to ok. 1300 r. (z kolei XVI-wieczny profesor toruński i sekretarz miejski Erazm Rümpler podawał, że cysterki pojawiły się w Toruniu w 1263 r., nie określając jednak przy którym z toruńskich kościołów; być może była to świątynia poprzedzająca późniejszy kościół św. Jakuba). Jednakże mógł to być zakon cysterek, a benedyktynki osiedlono w 1311 r. w ufundowanym dla nich klasztorze przy kościele Ducha Św. (niezachowany) na Rybakach. Wkrótce oba zgromadzenia mogły się połączyć.
W 1335-1341 z rąk wielkiego mistrza krzyżackiego Teodoryka von Altenburg zakonnice (cystersko-benedyktyńskie) otrzymały patronat nad kościołem św. Jakuba w Nowym Mieście Toruniu, a potwierdzenia tego przywileju dokonał kolejny wielki mistrz Ludwik König, w roku 1345. Zakonnice przebywały tu do 1557 r., odkąd w wyniku reformacji i rozszerzającego się w Toruniu protestantyzmu, kościół św. Jakuba stał się świątynią luterańską. Był to trudny okres dla konwentu, który niemal całkowicie się wyludnił. Zgromadzenie odnowiło się za sprawą siostrzanego klasztoru z Chełmna i przyjęło regułę benedyktyńską. Po długoletnich staraniach mniszki odzyskały kościół św. Jakuba w 1667 r. Jednak po włączeniu Torunia do Królestwa Prus w wyniku II rozbioru w 1793 r. klasztor doznawał różnych ograniczeń do kasaty włącznie w 1833 r.
W 1335-1341 z rąk wielkiego mistrza krzyżackiego Teodoryka von Altenburg zakonnice (cystersko-benedyktyńskie) otrzymały patronat nad kościołem św. Jakuba w Nowym Mieście Toruniu, a potwierdzenia tego przywileju dokonał kolejny wielki mistrz Ludwik König, w roku 1345. Zakonnice przebywały tu do 1557 r., odkąd w wyniku reformacji i rozszerzającego się w Toruniu protestantyzmu, kościół św. Jakuba stał się świątynią luterańską. Był to trudny okres dla konwentu, który niemal całkowicie się wyludnił. Zgromadzenie odnowiło się za sprawą siostrzanego klasztoru z Chełmna i przyjęło regułę benedyktyńską. Po długoletnich staraniach mniszki odzyskały kościół św. Jakuba w 1667 r. Jednak po włączeniu Torunia do Królestwa Prus w wyniku II rozbioru w 1793 r. klasztor doznawał różnych ograniczeń do kasaty włącznie w 1833 r.
Wtedy zabudowania klasztoru przy kościele św. Jakuba przejęło wojsko pruskie i większość zabudowań rozebrano. Do dziś pozostał główny i najstarszy budynek, sięgający XIV w. Budynek ten ma dobrze zachowane gotyckie podziemia ze sklepieniami krzyżowymi wspartymi na 4 filarach oraz szczyty. Po przejęciu na potrzeby militarne obiekt przystosowano do celów obronnych, m.in. wykonując strzelnice w ścianie tylnej i szczytowej, a od strony południowej dostawiono kaponierę. W latach 60. XIX w. budynek służył za koszary więzienne i areszt, później został adaptowany na pomieszczenia biurowe. Po włączeniu Torunia do II Rzeczypospolitej nadal mieściły się tu instytucje wojskowe - Inspekcja Twierdzy, Sąd 35. Dywizji i areszt (zobacz: Toruń międzywojenny). Po II wojnie światowej, kiedy w 1945 r. większość instytucji przeniesionio z Torunia do Bydgoszczy (zobacz: Kolejna degradacja Torunia - rok 1945), mieściły się tu mieszkania. Od 2010 r. budynek należy do Muzeum Okręgowego, mieszcząc m.in. Bibliotekę Naukową oraz magazyny zbiorów archeologicznych.