Wywodził się z rodziny kupieckiej. Ojciec - również Mikołaj  -pochodził z Krakowa (patrz niżej: Mikołaj Kopernik ojciec). Po przybyciu do Torunia poślubił Barbarę z tutejszego rodu Watzenrode, co pozwoliło mu wejść w majętne i wpływowe środowisko toruńskiego patrycjatu. Kopernikowie mieli czworo dzieci: Andrzeja, Barbarę, Katarzynę i najmłodszego Mikołaja.

Młody Mikołaj w Toruniu spędził dzieciństwo i młodość. Tu kształtowały się początki jego wszechstronnej osobowości, podbudowane wrażeniami specyficznej atmosfery żywotnego miasta, goszczącego - z uwagi na charakter handlowy (>>>) - kupców z różnych krajów, którzy zatrzymując się także w domu rodzinnym Koperników, dzielili się rozmaitymi spostrzeżeniami, budząc ciekawość przyszłego astronoma (zobacz: Jak Toruń ukształtował Kopernika).
W rodzinnym mieście rozpoczął Kopernik naukę w szkole miejskiej przy kościele św.św. Janów, mieszczącej się przy ul. Szkolnej - obecnie ul. św. Jana, która - jak wykazały badania - odznaczała się wysokim poziomem nauczania, dysponując gronem wybitnych profesorów (jednym z jej rektorów był znany humanista, Konrad Gesselen, również Lucas Watzenrode - wuj Kopernika, późniejszy biskup warmiński i protektor Mikołaja Kopernika) oraz bogatym księgozbiorem, zawierającym m.in. rękopisy i dzieła z zakresu astronomii i astrologii. Można przypuszczać, że z tej szkoły wyniósł Kopernik wstępne zainteresowania naukami ścisłymi. Nie ma natomiast pewności czy Kopernik uczęszczał do tej szkoły do 15. czy do 18. roku życia.

 

Śmierć ojca w 1483 r., który pod koniec życia popałd w problemy finansowe, spowodowała zubożenie rodziny. Opiekę nad nią i Mikołajem objął wówczas jego wuj (brat matki) Lucas Watzenrode. To z jego inicjatywy i przy  jego wsparciu Mikołaj Kopernika w wieku 18 lat udał się na studia.
W latach 1491-1495 wraz z bratem Andrzejem studiował na Wydziale Sztuk Wyzwolonych w Akademii Krakowskiej, gdzie na najwyższym poziomie stały właśnie nauki matematyczne i astronomiczne. W księdze przyjętych na studia w semestrze zimowym 1491/1492 i dziś można zobaczyć następujący wpis: "Nicolaus Nicolai de Thuronia solvit totum", co znaczy: "Mikołaj syn Mikołaja z Torunia zapłacił wszystko". Tak więc Mikołaj Kopernik został przyjęty na wydział i uiścił od razu całe czesne. Następnie od 1496 roku studiował astronomię w Bolonii i od 1501 roku prawo i medycynę w Padwie; w 1503 roku uzyskał doktorat z prawa kanonicznego w Ferrarze. W końcu 1503 roku wrócił do Polski, na Warmię. W Toruniu nigdy już na stałe nie zamieszkał. W latach 1504-1510 był sekretarzem i lekarzem przybocznym wuja, biskupa warmińskiego Lucasa Watzenrodego i przebywał głównie w Lidzbarku Warmińskim. W 1509 roku ogłosił drukiem w Krakowie swój łaciński przekład greckich listów Teofilakta Symokatty. W 1510 roku jako kanonik, kanclerz kapituły osiedlił się we Fromborku, gdzie prowadził obserwacje astronomiczne i pisał swoje główne dzieło. W latach 1516-1519 i w połowie 1521 roku był administratorem dóbr kapitularnych w Olsztynie. Podczas wojny polsko-krzyżackiej w latach 1520-1521 bronił zamku olsztyńskiego przed Krzyżakami. 
 
Kopernik mieszkając w Lidzbarku Warmińskim pełnił funkcję administratora dóbr kapituły warmińskiej i siłą rzeczy miał do czynienia z ekonomią. Interesował się zagadnieniami ekonomicznymi, czego wynikiem był jego projekt reformy walutowej (1517 r.); memoriał w tej sprawie przedłożony na sejmiku pruskim w Toruniu w 1519 roku, został w 1526 roku poszerzony i ujęty przez Jôsta Ludwika Decjusza w formie traktatu pt. "Monetae cudendae ratio" ("O sposobie bicia monety"). Wcześniej jednak, w 1522 roku na zjeździe stanów pruskich w Grudziądzu, Kopernik przedstawił swój traktat o reformie monety pruskiej. Sformułowano w nim zasady reformy monetarnej oparte na projekcie poprawy pieniądza i ujednolicenia monety pruskiej (zobacz: Prusy Królewskie) i polskiej; sformułował prawo ekonomiczne, zgodnie z którym pieniądz gorszy wypiera pieniądz lepszy. Prawo to nazwano później prawem Greshama, któremu przypisywano jego odkrycie.
Ostatecznie na podstawie reformy walutowej z lat 1526-1528 w Toruniu działała mennica koronna (zobacz: Mennica toruńska).
 
Cały swój wolny czas poświęcał jednak Kopernik pracy nad dziełem swego życia. Około 1510 roku podał zarys teorii heliocentrycznej w rozprawie znanej pt. "Commentariolus"; nie była ona drukowana, lecz krążyła po Europie w odpisach, z których dwa odnaleziono dopiero w XIX wieku.

Ulica Mikołaja Kopernika (dawniej ul. Św. Anny) z dwiema gotyckimi kamienicami - ob. Muzeum Dom Kopernika

 

Lucas Watzenrode (1447-1512), torunianin, biskup-książę Warmii, patron siostrzeńca - Mikołaja Kopernika

 

Kościół Świętojański - miejsce chrztu Mikołaja Kopernika

 

Fragment traktatu Kopernika "Monetae cudende ratio", 1526 r.

Główne dzieło Kopernika, "De revolutionibus orbium coelestium", zawierające wykład astronomii ujęty w aspekcie obrotu Ziemi dookoła osi oraz jej obiegu razem z innymi planetami dookoła Słońca, powstało w okresie 1515-1530 we Fromborku. Mimo, że Kopernik nie zdecydował się na ogłoszenie wyników swych dociekań naukowych, a jedynie w 1535 roku z inicjatywy B. Wapowskiego opracował almanach (zaginiony) oparty na tablicach astronomicznych z "De revolotionibus...", wiadomość o tej teorii świata szerzyła się w Europie. Dotarła też do Georga Joachima von Lauchen, zwanego Rheticus (pol. Retyk), niemieckiego matematyka, astronoma na uniwersytecie w Wittenberdze. W 1539 roku przybył on do Fromborka, aby zapoznać się z dziełem Kopernika, a następnie razem udali się do Lubawy, gdzie na zamku biskupów chełmińskich przebywał przez ponad dwa letnie miesiące. Retyk stał się entuzjastą teroii Kopernika. Skłonił go do wydania dzieła. Wyciąg z niego, znany pod skróconym tytułem "Narratio Prima", sporządzony przez Retyka ukazał się drukiem w Gdańsku w 1540 roku. W 1541 roku Retyk oddał dzieło Kopernika do druku w Norymberdze. Nad drukiem czuwał A. Osiander; wycofał on bez wiedzy Kopernika jego przedmowę, a umieścił na jej miejscu własną, nie podpisaną, przedstawiającą teorię Kopernika jako hipotezę ułatwiającą obliczenia. Było to niezgodne ze stanowiskiem Kopernika, wyraźnie sformułowanym w Liście dedykacyjnym do papieża Pawła III, wydrukowanym na początku tej samej książki.
 
Dzieło ukazało się w Norymberdze w 1543 roku, pod nazwiskiem "Nicolai Copernici Torinensis" (Kopernik zawsze podkreślał swoje pochodzenie poprzez dodatek "toruńczyk" >>>). W tym samym roku, 24. maja we Fromborku, Kopernik kończy swój żywot i zostaje pochowany w krypcie w katedrze fromborskiej (>>>). Dzieło Kopernika, godzące w ustalone poglądy na budowę świata, nie od razu spotkało się z pozytywnym przyjęciem zarówno wśród uczonych, jak i władz duchownych. Od przełomu XVI i XVII wieku teoria jednak zyskiwała coraz więcej zwolenników, a do jej ugruntowania najbardziej przyczynili się Giordano Bruno, Johann Kepler i Galileo Galilei. Jeszcze za życia Kopernika jego teoria spotkała się z ostrym sprzeciwem M. Lutra, Ph. Melanchtona i J. Kalwina, jako sprzeczna z tekstem Biblii.
Kościół katolicki początkowo nie zajmował oficjalnie stanowiska wobec teorii, jednak później, po soborze trydenckim uznał ją za przeciwną światopoglądowi. Kongregacja Indeksu wydała w 1616 roku dekret potępiający "De revolutionibus...". Z Index Librorum Prohibitorum dzieło zostało usunięte dopiero w 1758 roku.
 
Rewolucja Kopernikańska (jak później nazwano wystąpienie i dzieło Kopernika) polegała na przezwyciężeniu poglądu uznawanego przez wieki, na podjęciu dawnej idei układu heliocentrycznego (wprowadzonego do astronomii przez Arystarcha z Samos) i stworzeniu dla tej koncepcji pełnej i ścisłej, jak to było możliwe w ramach ówczesnej wiedzy, podbudowy naukowej. Było to jednym znajważniejszych przewrotów naukowych w dziejach ludzkości.

 

Wydanie pierwsze, norymberskie, 1543 r. Trzy egzemplarze tej pierwsej edycji przechowuje Wojewódzka Biblioteka Publiczna - Książnica Kopernikańska w Toruniu

 

Manuskrypt De Revolutionibus...
Fragment z przedstawieniem heliocentrycznego systemu słonecznego

 

Kolejne wydania:
• 1543, Norymberga, wyd. Johannes Petreius
• 1566, Bazylea, Henricus Petrus
• 1617, Amsterdam, Nicolaus Mulerius
• 1854, Warszawa, z polskim tłumaczeniem i przedmową Kopernika
• 1873, Toruń, z niemieckim tłumaczeniem, ufundowane przez tutejsze Towarzystwo Naukowe, zawierające wszystkie autorskie poprawki i uzupełnienia.

Ojciec Mikołaja Kopernika - Mikołaj Kopernik senior (Copernigk Niclas; ok. 1420 - po 1483) - był kupcem krakowskim, należącym do toruńsko-krakowskiej spółki handlowej Sweydniczerów, zajmującym się m.in. handlem miedzią węgierską (zobacz: "Miedziowiec" toruński). Do Torunia przeniósł się z Krakowa w 1455 r. w związku ze swoją działalnością kupiecką (w 1454 r. został wysłany z Krakowa do Prus w celu odebrania długów, które gdańszczanie i torunianie zaciągnęli u kupców krakowskich.

Wkrótce (ok. 1458 r.) poślubił toruniankę Barbarę Watzenrode i otrzymał obywatelstwo toruńskie (w 1455 r. źródła archiwalne wymieniają niejakiego Coppernicka zamieszkałego na ul. Szewskiej w Starym Mieście Toruniu). Więcej o toruńskim handlu miedzią tutaj.
Krakowska gałąź rodu Koperników pochodzi ze Śląska, a czasem wywodzi się ją ze wsi Koperniki koło Nysy, chociaż nie ma to uzasadnienia naukowego: nazwisko Kopernik oznacza osobę zajmującą się wydobyciem, przeróbką lub handlem miedzią (łac. cuprum, niem. Kupfer).

W Toruniu Mikołaj Kopernik poślubił Barbarę Watzenrode z bogatej rodziny patrycjuszowskiej i założył rodzinę z czwórką dzieci (Andrzej, Barbara, Katarzyna, Mikołaj). Posiadał kontakty handlowe z Krakowem, Gdańskiem i innymi miastami. W latach 1465-1483 był ławnikiem staromiejskim. W 1469 roku wraz z żoną należał do zgromadzenia tercjarek przy klasztorze Dominikanów na Nowym Mieście, a od 1464 r. w spadku po Lucasie Watzenrode otrzymał winnicę w Kaszczorku (o uprawie winorośli w Toruniu tutaj).

Portret Mikołaja Kopernika, ojca, autor nieznany, XVII w., oryginał w Muzeum Uniwersytetu Jagiellońskiego, kopia wykonana przez prof. Józefa Flika w 1981 r. prezentowana w Muzeum Domu Kopernika w Toruniu

 

Mikołaj Kopernik, kupiec toruński, ojciec astronoma na rycinie z 1830 r. wzorowanej na jego wizerunku z epitafium (niezachowanym) w kościele Świętojańskim w Toruniu