Obecna kaplica św. Barbary na Barbarce jest kolejną świątynią w tym miejscu, zbudowaną przez ówczesnego dzierżawcę Barbarki, Heinricha Tilka (zobacz: Kamienica Roberta Tilka) w 1842 r. na miejscu poprzedniej, pochodzącej z 1299 r. Nie ma jednak żadnego zachowanego dokumentu podającego tę datę, a przytacza ją jedynie XVIII-wieczny historyk toruński Jacob Heinrich Zerneke, powołując się na XVII-wiecznego historyka Christopha Hartknocha.

Według legendy kaplica została postawiona w miejscu objawień św. Barbary pustelnikowi. W każdym razie na pewno tędy przebiegał szlak pielgrzymkowy z Torunia do Starogrodu koło Chełmna, które w związku z przechowywanymi tam reliwkiami św. Barbary było głównym miejscem pielgrzymkowym w państwie krzyżackim. 

Kult św. Barbary krzewił się w średniowieczu na terenie Ziemi Chełmińskiej i Pomorza Gdańskiego, a Barbarka wraz z Toruniem były jednym z ważniejszych ognisk tego kultu.

 

Pewnym jest to, że w 1475 r. bp chełmiński Wincenty Gosławski (vel Kiełbasa) w miejscu starej zbudował nową kaplicę, która od 1488 r. podlegała parafii staromiejskiej św.św. Janów. Następnie - najprawdopodobniej od czasu reformacji (pocz. XVI w.) kaplica ta stała się filią nieistniejącego już dziś kościoła św. Wawrzyńca na Przedmieściu Chełmińskim. Obecnie stanowi filię kościoła św. Antoniego na Wrzosach.

W 1521 roku wizytę na Barbarce złożył król Zygmunt Stary (zobacz: Król Zygmunt Stary w Toruniu).

 

W 1623 r. na miejscu starej stanęła nowa kaplica.

Po zniszczaniach w czasie potopu szwedzkiego odbudowano ją około 1660 roku. Był to dość okazały kościółek - większy od obecnego - z 11 oknami i małymi organami. W ołtarzu głównym stała gotycka figura św. Barbary (zobacz niżej). Na bocznych ścianach wisiały kobierce, a w nawie dwa ołtarze; na prawej ścianie był wizerunek św. Katarzyny, obok malowane sceny przedstawiające cuda i męczeństwa różnycb świętych dziewic. Była tu też ambona z 1536 r., pierwotnie znajdująca się w kościele św. Wawrzyńca.

 

O rozwijającym się tu kulcie św. Barbary świadczy najlepiej fakt, że w dnia 15 listopada 1475 r. w Rzymie trzej kardynałowie: Stefan, Ausias i Jan Michał oraz biskup Angelus obdarzyli kaplicę na Barbarce przywilejem indulgencyjnym. Każdy kto nawiedził to miejsce we wspomnienie św. Barbary, Zielone Świątki oraz Wniebowzięcie NMP mógł otrzymać przywilej 100 dni odpustu. Przywilej ten potwierdził dnia 4 października 1488 r. biskup chełmiński Stefan z Niborka, dodając jeszcze mocą swojej władzy pasterskiej 40 dni odpustu.

W te święta odbywały się więc na Barbarce odpusty, z których największy przypadał na Zielone Świątki. Ściągały tu wtedy tłumne pielgrzymki z kościoła św.św. Janów i z kościoła św. Wawrzyńca. W procesjach tych pierwotnie brały udział wyłącznie kobiety, które szły przy dźwiękach bębnów, nie mógł im natomiast towarzyszyć dźwięk trąb.

W 1790 r. procesje skasowano, odkąd kult św. Barbary podupadał, podobnie jak sama kaplica.

Przetrwała ona do 1800 r., kiedy to została rozebrana; na jej miejscu zbudowano kolumnę z figurą świętej.

W 1841 roku podjęto decyzję o budowie obecnej kaplicy (w międzyczasie powstała jedna, po czym została rozebrana).

 

Wyposażenie kaplicy stanowią: ołtarz główny rokokowy z XVIII w. oraz manierystyczny obraz Bractwa Obywatelskiego św. Marii Magdaleny z XVII w. Kaplice otacza cmentarz rzymsko-katolicki z najstarszymi nagrobkami z 1865 r. (Emilii Tilk z domu Witt) i 1879 r. (Heinricha Tilk).

 

W kaplicy św. Barbary na Barbarce znajdowały się dwie gotyckie rzeźby św. Barbary. Obie są cennymi dziełami sztuki średniowiecznej, reprezentują wysoki poziom artystyczny.